RESUMO A cadeia de produção do queijo artesanal na região da Serra da Canastra é constituída, majoritariamente, por pequenos empreendimentos rurais, geridos sob o sistema de agricultura familiar. Sob o contexto ecológico, o sistema de produção do Queijo Minas Artesanal Canastra representa a transformação de ecossistemas nativos de Cerrado, na região da Serra da Canastra, em agroecossistemas manejados para a produção, em pequena escala, da bovinocultura leiteira e funcionamento de uma agroindústria de pequeno porte (a queijaria). O objetivo deste trabalho foi verificar potenciais associações entre perfis de gestão dos efluentes e captação de água utilizada na produção do Queijo Canastra e o estado de contaminação microbiológica da água nos mananciais, nas queijarias e no fermento endógeno utilizado na produção, utilizando dois indicadores microbiológicos (carga de coliformes e Escherichia coli). Foram analisadas amostras de água coletadas 12 mananciais, no entorno do Parque Nacional da Serra da Canastra, amostras de água da torneira bem como o fermento endógeno, utilizado na produção do queijo em 13 empreendimentos, em duas campanhas de coleta, correspondendo às estações seca e chuvosa. As análises comparativas de contagens de coliformes totais (UFC/ml) e E. coli (UFC/ml) presentes nas amostras de água revelaram que empreendimentos que possuem rotina de lavação da sala de ordenha, bem como aqueles com maior risco de acesso de animais silvestres ao manancial, apresentaram maiores cargas de ambos os microrganismos indicadores. Também foi verificado o efeito do uso de água tratada por cloração na carga dos microrganismos indicadores tanto na água utilizada na queijaria quanto no fermento endógeno utilizado na produção. Além disso, verificou-se que empreendimentos que não utilizam água tratada na lavação da sala de ordenha apresentaram maiores cargas de E. coli no fermento endógeno. Considera-se que os resultados deste trabalho corroboraram as premissas estabelecidas e destacam a necessidade dos produtores do Queijo Canastra compreenderem que seus empreendimentos rurais são ecossistemas, nos quais cada estratégia adotada na gestão de sua propriedade rural pode ter impacto na sua atividade fim que é a produção do Queijo Canastra.