Montagem de ambiente de análises ecológicas de microbiomas usando a Plataforma Qiime2
| dc.contributor.advisor | Doutor Gustavo Augusto Lacorte | |
| dc.contributor.author | Willian Mendes Gonçalves | |
| dc.date.accessioned | 2024-09-12T10:21:26Z | |
| dc.date.available | 2024-09-12T10:21:26Z | |
| dc.date.issued | 2020-08-30 | |
| dc.description.abstract | A Bioinformática é uma área interdisciplinar que integra conhecimentos de diversas áreas, como Ciências Biológicas, Ciência da Computação, Estatística, entre outras. Há um debate em torno da necessidade de biólogos tornarem-se proficientes em programação, levando em consideração a complexidade e o tempo necessário para especializar-se nessa área. Embora essa exigência seja questionável, o conhecimento básico na área pode facilitar a comunicação entre biólogos e especialistas em computação, especialmente em situações em que programas prontos não atendem a necessidades específicas. Diante desse cenário, este Trabalho de Conclusão de Curso visou realizar uma avaliação de diferentes estratégias de montagem de ambiente de uso da plataforma Qiime 2, para análises metataxonômicas. Para validar o ambiente e a pipeline, foram analisados dados de sequenciamento de amplicons, provenientes do Parque Nacional da Serra da Canastra, focando em áreas impactadas e não impactadas pelo fogo, durante o um Manejo do Fogo Integrado. Ao final das analises, foi possível identificar como a ação do fogo mudou as comunidades microbiológicas do solo. A análise comparativa de máquinas para bioinformática revelou que, embora computadores com menor disponibilidade de recursos sejam capazes de executar processos básicos, tarefas mais complexas, especialmente em estudos de microbiomas, exigem máquinas com maior disponibilidade de recursos. Nos testes realizados, a máquina com 64 GB de RAM e 12 vCPUs demonstrou ser a mais adequada para lidar com grandes volumes de dados e processos intensivos. No entanto, para pesquisas com restrições orçamentárias, uma abordagem mais econômica e eficiente pode ser a combinação estratégica de diferentes máquinas, permitindo a otimização de custos sem comprometer a qualidade dos resultados. | |
| dc.description.abstract1 | Bioinformatics is an interdisciplinary field that integrates knowledge from several areas, such as Biological Sciences, Computer Science, Statistics, among others. There is a debate about the need for biologists to become proficient in programming, taking into account the complexity and time required to specialize in this area. Although this requirement is questionable, basic knowledge in the area can facilitate communication between biologists and computer specialists, especially in situations where readymade programs do not meet specific needs. Given this scenario, this Final Course Work aimed to evaluate different strategies for setting up an environment for using the Qiime 2 platform for metataxonomic analyses. To validate the environment and the pipeline, amplicon sequencing data from the Serra da Canastra National Park were analyzed, focusing on areas impacted and not impacted by fire during the 1st Integrated Fire Management. At the end of the analyses, it was possible to identify how the action of fire changed the soil microbiological communities. The comparative analysis of bioinformatics machines revealed that, although computers with lower resource availability are capable of performing basic processes, more complex tasks, especially in microbiome studies, require machines with higher resource availability. In the tests carried out, the machine with 64 GB of RAM and 12 vCPUs proved to be the most suitable for handling large volumes of data and intensive processes. However, for research with budget constraints, a more economical and efficient approach may be the strategic combination of different machines, allowing cost optimization without compromising the quality of the results. | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.14387/1799 | |
| dc.language.iso | Português | |
| dc.orcid | 0000-0001-7611-183X | |
| dc.publisher.campi | Bambuí | |
| dc.publisher.country | Brasil | |
| dc.publisher.institution | INSTITUTO FEDERAL DE EDUCAÇÃO, CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE MINAS GERAIS (IFMG) CAMPUS BAMBUÍ | |
| dc.rights | Acesso aberto | |
| dc.subject.keyword | Bioinformática | |
| dc.subject.keyword | QIIME 2 | |
| dc.subject.keyword | Microbioma | |
| dc.subject.keyword | Microbiota | |
| dc.subject.keyword | Microbiologia | |
| dc.title | Montagem de ambiente de análises ecológicas de microbiomas usando a Plataforma Qiime2 | |
| dc.type | Trabalho de Conclusão de Curso |