O grande desafio para o século é a integração dos fatores biológicos nos sistemas de produção a fim de reduzir os impactos causados pelo sistema produtivo convencional, onde para se alcançar rendimentos máximos nos cultivos são necessárias grandes quantidades de fertilizantes e defensivos. Os micro-organismos endofíticos associativos são aqueles que vivem parte ou todo seu ciclo de vida no interior das plantas sem causar danos e não necessariamente formarem simbioses. Estes micro-organismos produzem substâncias promotoras de crescimento das plantas, promovem a indução sistêmica de resistência a pragas e doenças fitopatogênicas e a tolerância a condições adversas, e no caso de bactérias podem fazer a fixação biológica do N2. A contribuição de bactérias endofíticas associativas para a fixação biológica de nitrogênio é muito importante, pois a maior parte das áreas são cultivadas com plantas não leguminosas, como no setor florestal. O objetivo do presente trabalho é caracterizar e identificar potenciais micro-organismos diazotróficos patogênicos isolados de genótipos de eucalipto. Para isso, algumas estirpes bacterianas diazotróficas isoladas de folhas e raízes de eucalipto foi adquirida da coleção de bactérias diazotróficas do Laboratório de Microbiologia do solo da UFVJM, procedido à caracterização morfológica e bioquímica das células e das culturas. A capacidade das bactérias expressar a virulência foi avaliada pelo método de hipersensibilidade em plantas não alvo como o fumo, o tomate e pimentão. A diversidade microbiana nos nichos ecológicos, folhas e raízes, estão associados a planta hospedeira, podendo os grupos ser constituído por gêneros bacterianos distintos, mas com especificidade ao genótipo da planta hospedeira de origem. Houve formação de 13 grupos de similaridade entre os agentes diazotróficos. Todos os isolados poderão ser utilizados como fonte de inóculo para bioprospecção devido sua reação negativa para patogenicidade.