Trabalho de Conclusão de Curso

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Navegando Trabalho de Conclusão de Curso por Assunto "Bioinformática"

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    Montagem de ambiente de análises ecológicas de microbiomas usando a Plataforma Qiime2
    (2020-08-30) Willian Mendes Gonçalves; Doutor Gustavo Augusto Lacorte
    A Bioinformática é uma área interdisciplinar que integra conhecimentos de diversas áreas, como Ciências Biológicas, Ciência da Computação, Estatística, entre outras. Há um debate em torno da necessidade de biólogos tornarem-se proficientes em programação, levando em consideração a complexidade e o tempo necessário para especializar-se nessa área. Embora essa exigência seja questionável, o conhecimento básico na área pode facilitar a comunicação entre biólogos e especialistas em computação, especialmente em situações em que programas prontos não atendem a necessidades específicas. Diante desse cenário, este Trabalho de Conclusão de Curso visou realizar uma avaliação de diferentes estratégias de montagem de ambiente de uso da plataforma Qiime 2, para análises metataxonômicas. Para validar o ambiente e a pipeline, foram analisados dados de sequenciamento de amplicons, provenientes do Parque Nacional da Serra da Canastra, focando em áreas impactadas e não impactadas pelo fogo, durante o um Manejo do Fogo Integrado. Ao final das analises, foi possível identificar como a ação do fogo mudou as comunidades microbiológicas do solo. A análise comparativa de máquinas para bioinformática revelou que, embora computadores com menor disponibilidade de recursos sejam capazes de executar processos básicos, tarefas mais complexas, especialmente em estudos de microbiomas, exigem máquinas com maior disponibilidade de recursos. Nos testes realizados, a máquina com 64 GB de RAM e 12 vCPUs demonstrou ser a mais adequada para lidar com grandes volumes de dados e processos intensivos. No entanto, para pesquisas com restrições orçamentárias, uma abordagem mais econômica e eficiente pode ser a combinação estratégica de diferentes máquinas, permitindo a otimização de custos sem comprometer a qualidade dos resultados.