O Queijo Minas Artesanal Canastra é o produto típico mais importante da região da Serra da Canastra, sendo a principal fonte de renda da população regional. Seus aspectos físicos e sensoriais se devem às condições da região em que é produzido e ao modo de preparo, que promovem uma seleção de microrganismos capazes de conferir as características que agregam valor ao produto. Por isso, é essencial que se conheça a fundo a composição microbiana desse produto, bem como a sua dinâmica ao longo do processo de produção, fim de avaliar quais grupos agem em qual fase do processo, onde surgem e quais são os benéficos e os prejudiciais para a composição do produto final. Sendo assim, este trabalho se propôs a caracterizar as comunidades bacterianas presentes ao longo do processo de produção do Queijo Minas Artesanal tipo Canastra, entre diferentes produtores. Para isso, foi usada a técnica de metagenômica - técnica de identificação independente de cultura - por meio da qual são possíveis a obtenção de milhares de sequências de DNA e a caracterização de qualquer comunidade bacteriana presente numa amostra. O estudo da dinâmica desses grupos ao longo do processo de produção revelou que a microbiota presente no produto final assemelha-se mais à microbiota do “pingo”, destacando a sua importância no processo de produção. A análise de composição das comunidades indicou que possivelmente, os microrganismos que geram as características que desagregam valor aos produtos estão nas fontes que constituem os utensílios e as instalações de trabalho dos produtores. O gênero Staphylococcus, que abriga espécies patogênicas, apresentou perda de frequência relativa durante o processo de maturação, nas fazendas de alto valor agregado, e aumento da frequência nas fazendas de baixo valor agregado, o que é um sinal de alerta, visto que bactérias desse gênero podem levar à intoxicação alimentar. O conhecimento da microbiota associada ao processo de produção desse tipo de queijo permite que possam ser identificadas as portas de entradas de microrganismos prejudiciais ao processo, permitindo um maior controle desses microrganismos e, consequentemente, um aumento do valor agregado do produto final - fator que pode garantir a sustentabilidade deste processo produtivo local, importante para região da Serra da Canastra.